非文人
[个人文集]
加入时间: 2004/02/14
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作者：非文人 在 驴鸣镇 发贴, 来自 http://www.hjclub.org
Recovery of deleted deep sequencing data sheds more
light on the early Wuhan SARS-CoV-2 epidemic
Jesse D. Bloom
Fred Hutchinson Cancer Research Center
Howard Hughes Medical Institute
Seattle, WA, USA
已删除深度测序数据的恢复揭示更多早期武汉 SARS-CoV-2 流行的内幕
杰西•D•布鲁姆
弗雷德哈钦森癌症研究中心
霍华德休斯医学研究所
美国华盛顿州西雅图
摘要： SARS-CoV-2 的起源和早期传播仍然笼罩在神秘之中。在这里，我确定了一个数据库包括已从 NIH序列读取档案中删除的来自武汉疫情早期的SARS-CoV-2 病毒基因序列。我从谷歌云中恢复了被删除的文件，并重建13个早期流行病毒的部分序列。在仔细注释的现有数据的背景下，对这些序列进行系统发生学分析，进一步支持了华南海鲜市场序列并不能完全代表疫情初期武汉的病毒。相反，目前已知的 SARS-CoV-2 序列可能包含三个与华南海鲜市场病毒不同的基因突变，这使得新恢复的SARS-CoV-2 病毒基因序列更近于 SARS-CoV-2 的远祖蝙蝠冠状病毒。
了解 SARS-CoV-2 在武汉的传播至关重要的是追踪病毒的起源，包括识别导致零号病人感染的事件。第一次报道2019 年 12 月末在中国境外强调华南海鲜市场（ProMED 2019）的作用，最初建议作为人畜共患病的场所。然而，这个理论变得越来越脆弱，因为人们了解到许多早期案例与市场无关（Cohen 2020；Huang et al. 2020 年；陈等人。 2020）。最终，中国疾控中心主任高福驳回了这一理论，并指出“起初，我们假设海鲜市场可能有病毒，但现在市场更像是一个受害者。新型冠状病毒早已存在”（Global Times 2020 年）。
事实上，在华南海鲜市场爆发之前就有病例报告。 《柳叶刀》描述了一个与市场无关的确诊病例，症状始于 2019 年 12 月 1 日（Huang et al. 2020）。《南华早报》描述了 2019 年 11 月以来的九起病例，包括患者年龄和性别的详细信息，并指出没有人被确认为“零号病人”（Ma 2020）。武汉大学余传华教授告诉《健康时报》，他查看的记录显示 11 月中旬有两起案件，并且9 月 29 日发现一例疑似病例（《健康时报》2020 年）。就在余传华教授接受采访的同时，中国疾控中心发布命令，禁止信息共享关于未经批准的 COVID-19 流行病（中国疾病预防控制中心2020），不久余传华教授再次联系《健康时报》称无法确认 11 月的病例（《健康时报》2020）。随后，中国国务院发布一个更广泛的命令，要求与COVID-19 相关的所有出版文章都要经中央批准，以确保它们得到协调，“例如在国际象棋游戏中移动”（Kang 等人，2020a）。 2021年，联合世卫组织-中国报告驳回了 12 月 8 日之前报告的所有病例为非 COVID-19，并恢复了该病毒的理论可能起源于华南海鲜市场（WHO 2021）。
在其他病毒暴发直接识别早期病例已经受阻，越来越有可能从病毒序列分析, 使用基因组流行病学来推断传播的时间和动态。例如，对 SARS CoV-2 序列的分析重建SARS-CoV-2 在北美和欧洲初始传播成为可能（Bedford et al.2020 年； Worobey 等人。 2020 年；邓等人。 2020 年；福弗等人。 2020）。
但就武汉而言，基因组流行病学也令人沮丧地证明是不确定的。有些问题很简单, 数据有限。尽管武汉有先进的病毒学实验室，该市开始爆发的头几个月中，只有零星的SARS-CoV-2 序列采样。只有2019年12 月下旬从与华南海鲜市场有关的十几名患者收集的一组多重测序样本（WHO 2021），少数武汉序列是从 2020 年 1 月下旬之前获得（请参阅本文中的分析下面研究）。这种序列的缺乏可能部分是由于未经授权的中国实验室销毁所有冠状病毒的命令，导至来自爆发初期的样本丢失，据报道是出于“实验室生物安全”的原因（Pingui 2020）。
然而，现存的武汉序列也混淆系统发育分析，似有意导至推断出其他目前已知的序列都是华南海鲜市场 SARS-CoV-2 的后辈（Kumar et al. 2021）。尽管关于 SARS-CoV-2 究竟如何进入人类群体存有争议，人们普遍认为该病毒的远祖是蝙蝠冠状病毒（Lytras et al. 2021）。但是，最早来自华南海鲜市场的 SARS-CoV-2 序列，与这些蝙蝠冠状病毒的区别明显大于其它后来在武汉以外的地方收集的序列。因此，两个主要推断爆发起源的原则之间存在直接冲突：即它的基因序列应该属于最早的序列，并且它的基因序列应该是最接近相关远祖的序列（Pipes et al. 2021）。
在这里，我向解决这些问题迈出了一小步，从武汉疫情早期收集的门诊样本中识别和恢复已删除的部分 SARSCoV-2 序列数据。 结合对现有序列的仔细注释，对这些新序列的分析表明，包括世卫组织-中国联合报告（世卫组织 2021）在内的大多数研究重点关注的早期武汉样本，没有完全代表武汉那时实际存在的病毒。 这些见解有助于调和系统发育的差异，并提出两个很可能合理的祖序列。其中之一与 Kumar 等人推断的结果相同 (2021) ，另一个包含 C29095T 突变。 此外，这里采取的方法暗示甚至无需进一步实地考察研究就对 SARS-CoV-2 的起源或早期传播取得进展，例如通过更深入的研究NIH 和其他实体存档的探测数据。
原文：
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.06.18.449051v2.full.pdf
作者：非文人 在 驴鸣镇 发贴, 来自 http://www.hjclub.org |
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Jesse D. Bloom‘s paper 中文翻译（摘要和前言）
