xyzxyz
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作者：xyzxyz 在 罕见奇谈 发贴, 来自 http://www.hjclub.org
2 研究生方舟子：方舟子在密歇根州立大学
严格地说，方舟子的“生物化学家”头衔，只能是来自密歇根州立大学。因为他在中国科技大学学习的专业是细胞生物学，在两任博士后期间，他所研究的内容都属於分子生物学或分子遗传学领域。（一般来说，生物化学的研究对象是生物大分子，主要是蛋白质，而分子生物学的研究对象则是生物大分子中的核酸。所以说，广义的生物化学包括分子生物学，至少与后者有很大的交叉和重叠。）
那么，作为一个“生物化学家”，方舟子的成绩到底如何呢？按照目前国内流行的排名分段方法，方舟子到底应该被看做是几流科学家呢？对於这个问题，网上的议论确实不少，但是很少有人认真地作过研究。而学术研究与网上 “掐架”的区别，就在於这“认真”二字。也就是说，研究“方学”，必须从“认真”二字作起，只有这样，我们才能看到科学外衣下面的真实方舟子。
(1) “最聪明的学生，非常适合做科学研究工作”
2001年8月，方舟子在新语丝读书论坛上发了一个颇有影响的帖子，使人们对他在密歇根州大时的情况多少有些了解：
所谓“被导师劝说不适合呆在学术界做研究”
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送交者: 方舟子 于August 28, 2001 17:34:51:
这些骗子，居然连这种谣言都敢造。请他们提供我的导师这么说的任何证据。我不得不吹牛一下：我的导师认为我是他见过的最聪明的学生，非常适合做科学研究工作，在我申请博士后、研究基金时，都给予最强烈的推荐。我到Salk做博士后时，就只靠他的一封推荐信(一般情况下需要三个人的推荐)。由于他和其他人的推荐，我得到了一份研究艾滋病的基金。只不过，在日常交谈中，他有时劝我不要去当教授，因为他认为现在的教授和当秘书也差不多，整天写基金申请要钱。干脆说吧，他认为如果我去当教授，纯粹大材小用！我的导师对我现在从事的这些工作非常赞赏，恭维我是中国科学的良心。我出版的书，他还请系里的中国人摘要翻译。这些话，我本来不想说。但是既然骗子们居然连我的导师也要扯进来，说说也无妨。
方舟子善於自我誉扬，笔者在前面已经论及。但是，自我誉扬时还要来一个“不得不”，就未免做作得有些让人恶心了。果然，方舟子的这出自我誉扬戏演砸了。方舟子此帖刚出，一位笔名为JT的网友就专门写了一篇长达两千多字的评论，题目叫做《也谈方舟子“最聪明”“非常适合作科研”》。 这篇文章中，有这样一段话：
“1992的 Nature论文，方舟子排第六作者，属于极次要贡献者，列在简历上还可以，拿出去吹牛是没门的。1996年的JBC论文算是方舟子在博士期间的全部工作。JBC虽然是老牌杂志，但在生命科学的期刊里只算中等。美国虽然没有对博士毕业发表论文有硬性规定，但在读博士期间发表一篇第一作者的JBC档次的论文，只能算是达到博士毕业的下限，毕业及格而已，连中等都不太靠得上。我认识的中国学生中，读博士期间发表过CELL，NATURE，SCIENCE文章的绝不在少数。与这些人相比，方舟子这样的，居然也会被其导师夸成‘最聪明’‘非常适合作科学研究’工作，这种让人脸红到脖子的话大概有几种可能，一是方舟子自我吹嘘，抓住导师几句场面上的话反复自慰。二是方舟子的导师水平太差，拣到方舟子这样的五年只做出一篇JBC论文的学生居然都认为是‘最聪明’‘非常适合作科学研究’，真是这样，只好说方的导师实在有井底之蛙之嫌了。”(http: //www.omnitalk.com/omniarch/messages/3272.html)
JT网友的文章，专门根据方舟子发表的论文数量和杂志级别来论证方舟子并非“最聪明”、并非“非常适合作科研”。这样的论证固然听上去十分有力，但它实际上走的还是目前在国内十分流行的学术评价之路：看SCI论文数量，看IF数值。岂不知，在生物学领域，很多有重要影响的文章是发表在不知名杂志上的；而有些大学者，一生的文章也没有几篇。比如，Luria和Delbruck证明基因突变的文章，发表在Genetics上；Avery证明DNA是遗传物质的文章，发表在Journal of Experimental Medicine 上；即使是Hershey和Chase的获得诺贝尔奖的那个著名试验，也不过发表在Journal of General Physiology上。上面这几个杂志，与发表方舟子文章的The Journal of Biological Chemistry相比，大致可以说在一个级别。至於低产的大学者的例子，可以说不胜枚举。而最有说服力的例子则是，那些获得诺贝尔奖的学者，绝大多数人都是根据一篇或少数几篇文章才获此殊荣的。以量取胜的例子当然也有，但极为罕见。总之，JT网友的论证，有力固然有力，但并不充分。
那么，如何才能够充分地证明方舟子到底是不是“最聪明”、“非常适合作科研”呢？唯一途径就是根据方舟子所拥有的科学知识和他那“千顷地一棵苗”的 JBC论文本身来进行分析。方舟子那篇挂名的Nature，发表于1992年1月，投稿于1991年9月，当时方舟子尚是入学刚刚一年有余的研究生，课程尚未学完，课题的题目尚未确立，因此根本不可能对那个研究有任何实质性的贡献。(那篇文章的主要内容，是巴顿与多伦多大学合作搞出来的。) 用方舟子一惯的评论他人学术成就的标准来衡量，那纯粹是一篇搭顺风车论文。
(2) 密歇根州立大学
尽管方舟子本人不愿意提及自己的美国母校，但是我们研究“方学”的人，却不得不对此有所交代：密歇根州立大学在美国是一所普通得不能再普通的大学。上海交大的2007年世界大学排名，把MSU排在世界第80位、美国第50位。而美国U.S. News & World Reports的排名，则把它排在全国性大学第71位（2008年），研究生院的生物科学项目排在51位（2007）。
不过，MSU在美国高等教育史上，还是具有其独特地位的——它曾经是美国的第一所农学院。实际上，从1855年诞生，直到1964年，这个学校的名字都是“农学院”或“农业与实用科学学院(大学)”。 下面是这所学校官方网页公布的校名沿革：
• 1855 - Agricultural College of the State of Michigan
• 1861 - State Agricultural College
• 1909 - Michigan Agricultural College
• 1925 - Michigan State College of Agriculture and Applied Science
• 1955 - Michigan State University of Agriculture and Applied Science
• 1964 - Michigan State University
MSU的崛起，是在第二次世界大战期间。当时的校长John A. Hannah (1941-1969) 力主“社会需要什么，我们就提供什么”的教育理念，大肆扩张。当时这所学校甚至有教学生钉马掌的课程。
除了曾经是美国第一所农学院这个特殊身份，MSU在美国高教历史上还有一个闪光点。这就是，在上世纪五十年代，曾任南越总统的吴庭艳曾与该校有联系。后来吴庭艳在南越执政，MSU曾专门组织了一个所谓的“密歇根州立大学集团”来为吴庭艳政府当智囊。六十年代，有文章揭露说，这个集团受中央情报局指挥。在美国高教历史上，这是一所大学直接插手外国政治的首次。
还需要一提的是，MSU与该州的另一所大学，密歇根大学 (University of Michigan, UM)，根本无法相提并论。实际上，你如果想激怒UM的校友，只需要故意把他的母校与MSU弄混──对方肯定和你急。这与宾夕法尼亚州的两所大学十分相似：宾夕法尼亚大学(U. Penn.) 的学生最忌讳的就是别人把他们的母校与宾夕法尼亚州立大学(Penn. State) 相混。但是，这两对学校所不同的是：U. Penn. 是美国最古老的学校之一，又是长春藤联盟成员，Penn. State则是一所比U. Penn. 晚了一百多年的大众化公立大学；而密歇根大学的校龄与MSU相差不过十来年，并且都是公立大学。从学术水平和学术声誉上来判断，可以有十二分把握地说： MSU与UM的差距，和Penn. State 与U. Penn.的差距基本相同。[UM的上交大排名为第21位，U.S. News & World Reports的排名为第25位（2008年），研究生院的生物科学排名为第12位（2007）。]
（3） 方舟子的导师巴顿
方舟子在密歇根州立大学的导师叫巴顿（Zachary Burton）。根据他在MSU官方网页上的自我介绍，巴顿于1975年从加州大学洛杉矶分校(UCLA)本科毕业，五年后从该校获得博士学位。1980 -1987年间，巴顿分别在威斯康辛大学和多伦多大学从事博士后研究。据此判断，当方舟子投奔他的门下之时，巴顿应该是一位尚未得到终身教职的助教授。
根据巴顿提供的论文检索连接(关键词：BURTON ZF)，他在1980-2007年间，总共发表了42篇论文，其中巴顿是通讯作者的，有23篇，最早的就是那篇方舟子是第五作者的Nature (1992年)。也就是说，巴顿的实验室在过去十五年间，平均每年发表1.5篇论文。除了那篇Nature论文，巴顿实验室的其他论文集中发表在 Journal of Biological Chemistry、Molecular and Cellular Biology、Protein Expression and Purification这几种刊物上。而在1992年之前的12年间，巴顿曾发表12篇论文，发表这些论文的刊物包括一篇Nature，一篇PNAS，一篇Journal of Molecular Biology，两篇Cell。这十二篇文章中，巴顿是第一作者的有五篇，发表它们的刊物分别为：Archives of Biochemistry and Biophysics两篇，Cell、 EMBO J.、Mol. Cell. Biol.各一篇。
根据巴顿的研究领域比较热(RNA Polymerase II的结构与功能)，而巴顿实验室的研究成果较少(每年发表1.5篇论文，但其实验室在1995年前后每年至少有研究人员大约五名。目前该实验室有一个博士后、一个华人访问学者、一个华人研究生、两名本科生。见：http: //www.bch.msu.edu/labs/burton/burtlab.htm)、水平较低(论文绝大多数在中游水平杂志发表)，我们可以基本上认定，巴顿是一名极为普通的科学家。JT网友的判断大致不差。
【注：方舟子从来就没有交待过他当年为什么选择了MSU，为什么选择了生物化学专业，为什么选择了巴顿。他更没有交待过他当年都申请了哪些学校，都申请了什么专业，联系了哪几位导师，以及曾被哪些学校录取。但我们可以有把握地说，MSU决非方舟子申请的唯一美国学校，巴顿也不可能是他的唯一选择。至於方舟子为什么在当了五年“反叛诗人”之后，又重新回到中学时期就“立志献身”的科学，并且选择了离传统科学最为遥远、根本就不制作生物标本的生物化学/分子生物学专业，大概只有方舟子本人才能给出完满的答案。】
(4) 方舟子的生物化学/分子生物学知识
在美国的研究生院攻读博士学位，一般需要修完一定的课程。方舟子在网上处处以生物学专家的面目示人，所依赖的，大部分就是他在MSU时所学的那些知识。
那么，方舟子到底在MSU学到了、掌握了多少知识呢？说来奇怪，方舟子的这位“科普作家”，科普的内容五花八门，从世上无神到南极无熊，从转基因植物到干细胞培养，真的象他所讽刺的“方学家” 那样，是“天上知一半、地下全知道”，但是他几乎从来就不“普”一下自己本行的“科”，如细胞生物学和生物化学。而对他的那个博士论文研究对象，RNA聚合酶，方舟子更是三缄其口。这使人们很难窥探到方舟子学识的深浅——他在其他科学领域所犯的常识性错误固然很多，但我们如果用那些错误当做判断方舟子学识的依据，对他未免不太公平。这么办呢？好在方舟子张口闭口不离“基因”二字，而我已经说过，生物化学和分子生物学不分家，所以我们就看看方舟子对基因到底了解多少。
还在密歇根州立大学读书的时候，方舟子在《民主中国》第29期(大约1993年11月出版)发表了一篇文章，题目是：《没有设计者的世界——从分子生物学看一个哲学难题》，署名是“方舟子（密歇根州立大学生物化学系）”。这篇文章的主旨是批判“神创论”，而主要论据就是：人类基因组中有那么多垃圾基因，如果人是上帝创造的，而上帝是万能的，那么上帝为何不删除这些垃圾呢？可见并没有上帝，人是从单细胞生物进化来的。
这篇文章，后来成为方舟子《进化新解说》(香港天地图书有限公司1997年出版) 第五章(“分子进化”) 的附录；《进化新篇章》(湖南教育出版社2001年出版) 第一章(“生命的沉思”) 中的第三节。尽管方舟子的书大多以这样重新排列组合的方式“写”成(其实这是他打别人的“假”的一个主要方面)，但把一篇学生时代的文章，如此敝帚自珍地反复发表，也可见方舟子对它的得意。(注：《民主中国》的创办人就是那个被方舟子在1999年痛骂为“既无知而又臆断”的“前流亡作家苏晓康”。方舟子在 1993年给《民主中国》投稿时，当然知道这份刊物的性质，当然更知道这个苏晓康是“流亡作家”。他在1999年为什么对苏晓康反目相向，破口大骂，凡是了解方舟子的人，大概都能够猜个八九不离十。)
《没有设计者的世界》全文约四千字，但其中的这两段话最能显示方舟子的学识：
“在分子水平上来看生命现象，这类蹩脚的‘设计’就显得更明显了。分子生物学上一个出乎意料的发现是，作为遗传物质的DNA，只有很小的一部分是真正载有遗传信息，有表达蛋白质的功能的。对于人体来说，百分之九十以上的DNA都不编码蛋白质，其中极少数有调控功能，绝大多数没有已知的功能，被称为垃圾 DNA。如果我们现在就认定所有的垃圾DNA都没有功能，未免过于轻率，但对其中的一部分，我们已有了深入的研究，它们的确是垃圾。实验表明，去掉它们对于生物体不会有任何的影响。就是这些废物，盘占着细胞核的宝贵空间，细胞复制时还要费心费力把它们也复制一份遗传下去。试想，如果你的居室的绝大部分空间都被垃圾占领，搬家时还要把它们也都带走，是一件多么荒唐的事！如果真有一位高明的设计者，他何必扔下这么多的垃圾，何不令清洁工来打扫一番？”
“总之，内含子和假基因都是生物在长期的进化过程中堆积下来的垃圾。这类垃圾，是生物进化的最好的证据，也是对于存在智能设计者的观点的最有力的否定。”
(http://www.xys.org/fang/doc/science/sheji.txt)
上面这两段话，在2001年的《进化新篇章》中，方舟子只修改了几个字：第一段中的“其中极少数有调控功能，绝大多数没有已知的功能”这句话中，“极” 和“绝”二字被删去；第二段的“内含子和假基因都是生物在长期……”被改为“内含子和假基因都可看作是生物在长期……”。（见《方舟子诗文集》中的“《进化新篇章》选读”。http://www.xys.org/pages3/newchapter.html）。
内含子【维基百科：“内含子是一个基因中非编码DNA片断，它分开相邻的外显子。更精确的定义是：内含子是阻断基因线性表达的序列。”】最早发现于1977年，到方舟子最初发表《没有设计者的世界》时，只有短短的十多年。而在那段时间，分子生物学的发展远没有过去十年间那么迅速——人类基因组计划在九十年代初刚刚起步，当时DNA序列分析的成本是现在的几十倍、上百倍。也就是说，方舟子的那个“总之”，至多是根据当时的极为有限的知识做出的。而实际上，他对当时那点极为有限的知识也是一知半解。
现在，我们当然知道，内含子虽然不具有编码蛋白质的功能，但却具有相当多的其他生物功能。尽管如此，哈佛大学教授、1980年诺贝尔化学奖得主Walter Gilbert在去年，也就是发现内含子的29年之后，仍旧说：“关于内含子的进化，在以下几个方面仍然有相当的争论：内含子产生及扩散的时间，内含子丢失或获得的机制，以及制约内含子进化的压力。Considerable debate remains over several aspects of the evolution of spliceosomal introns, including the timing of intron origin and proliferation, the mechanisms by which introns are lost and gained, and the forces that have shaped intron evolution.”(Nature Review: Genetics 7, 211-221)。
也就是说，世界上一流科学家们至今仍旧对内含子的一些基本问题搞不清楚，连内含子是“先天存在” 还是“后天获得”都没有确定，可是我们的“科学斗士”方舟子这个MSU的研究生却在十多年前就已经斩钉截铁地宣布了：“内含子和假基因都是生物在长期的进化过程中堆积下来的垃圾”！而更让人不解的是，这是在他的“现在就认定所有的垃圾DNA都没有功能，未免过于轻率”话音刚落之际。方舟子这种“过于轻率”的勇气，到底是哪里来的呢？显然，除了无知之外，决不会有其他来源。
实际上，就在内含子发现之初，科学家们就对内含子到底是进化过程的产物，还是进化的基础，争论不休。Walter Gilbert在1978年就曾做出这样的天才推测：内含子的存在对生物有益，它们能够加速进化过程。他的具体推测就是，一个转录单位 (transcription unit) 可以产生两种以上的蛋白质。后来的研究证明，这个猜测是完全正确的。Walter Gilbert在当时的主要推论是：“内含子既是冷冻的历史遗迹，又是今后进化的起点。Introns are both frozen remnants of history and as the sites of future evolution.”（Nature 217, 501）。[注：内含子的英文名称intron就是Walter Gilbert在这篇文章中首次提出的。]
换句话说就是，在方舟子写那篇文章、说那样的话之前，就有人提出了与方舟子截然不同的观点。但方舟子对此却似乎茫然不知。
方舟子对内含子的无知一直持续到21世纪。在《进化新篇章》中，方舟子虽然迫于大量的科学研究结果，对自己的论述做了细微的修改（很可能是在被别人指出其错误之后才修改的），但他对於分子生物学在这方面的进展仍旧显得象是一个“不知有汉，无论魏晋”的“世外之人”。大约在2003年左右，有人嘲笑方舟子说：
“为了标榜自己是个知识裁判官，方某不止一次地吹嘘自己说‘我的专业知识’如何如何。嘿嘿，别说环保是门专业、方舟子根本没那专业知识，就他自己的本行生物学，他也是个二百五，水平之低让人哭笑不得。譬如，学到本科了，就该知道，‘垃圾基因’对基因蛋白成形过程有重要意义。可是呢，方某有个什么博士头衔，却在他的‘科普’文章里大言不惭地说‘垃圾基因’就是垃圾，没有也可以。这望文生义的‘博士’水平，还不让人哭笑不得？”
对此，方舟子驳斥道：“这话莫名其妙。什么叫‘基因蛋白成形过程’？内含子、假基因之类的垃圾基因对此有什么意义？”
其实，内含子对基因和蛋白质的形成具有重要意义，在上世纪末就已经是“凡是学过大学本科课程的人都应该知道”的事实。当时，为了使转基因在植物中超量表达，人们甚至会把内含子人为地放到转基因中去。而我们这位在全中国宣讲转基因植物是如何如何安全的美国博士，却连这么点知识都不知道，反倒“义正词严”地反问人家“内含子、假基因之类的垃圾基因对此有什么意义？”真是滑天下之大稽！
实际上，方舟子的问题并不仅仅是无知。方舟子的更大问题是逻辑的矛盾：进化论的基本前提就是对遗传物质的突变有一个选择的机制，通过这个机制，把对生存不利的突变筛选掉。既然如此，人类细胞怎么会越进化“垃圾”越多？为什么最原始的单细胞生物，如细菌，没有“垃圾基因”？这岂不是意味着人类比细菌还要低级吗？确实，在1978年加拿大科学家 Ford Doolittle就曾提出了这样的猜想（Nature 272, 581-582.）但方舟子一方面说内含子是垃圾，一方面又要强调人类乃是进化的高级产物，结果是陷入矛盾怪圈而不自知。
其实，即使是方舟子的那个“垃圾基因的存在证明没有上帝”的观点，也是他抄袭洋人的。原来，有“科学主义的先知”之称的康乃尔大学天文学教授、著名科普作家卡尔 •萨根（Carl Sagan）在1992年出版的Shadows of Forgotten Ancestors: A Search for Who We Are (与Ann Druyan合作) 中就说：“有些，也许是绝大多数的遗传指令会是过剩的，重复的，不可转录、无意义的。这证明严重的缺陷存在于生命的核心。Some, maybe even most, of the genetic instructions must be redundancies, stutters, untranscribable nonsense ... [which prove that] deep imperfections [lie] at the heart of life.”（转引自：Jerry Bergman：The Functions of Introns: From Junk DNA to Designed DNA。http://www.asa3.org/aSA/PSCF/2001/PSCF9-01Bergman.html#4）
显然，这段话的中心思想，被方舟子拿来借题发挥，写成了那篇至少发表了三次的《没有设计者的世界》。
不过，从方舟子对内含子的论述中，我们看出的不仅仅是他的无知，更重要的是，我们可以从中看出此人缺乏一个科学家所应具备的最基本素质，——对基本问题的好奇心，没有任何成见的、开阔的想象能力，以及勇于追求真理的勇气。Walter Gilbert在1978年的天才猜测，与2006年的认真探讨，无不显示出这种素质在科学研究中所起到的关键作用。而方舟子则以自己的无知为出发点，以自己的无畏作为论证的支撑，以自己对宗教的莫名其妙的仇恨为动力，完完全全地放弃了对问题答案的探索，而是把当时的未知作为自己论证的依据，来进行胆大妄为的论证。这哪里是什么“科普”，简直和宣传邪教没有任何本质上的区别。以如此贫乏的知识和简单的头脑，来进行“生命的沉思”，其沉思的结果，除了贻笑大方之外，还能是别的吗？
(未完待续）
作者：xyzxyz 在 罕见奇谈 发贴, 来自 http://www.hjclub.org |
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zt亦明：我和方舟子分手、决裂的前前后后（七）
