评Holmes's Cell文章的基因树分析
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#1: 评Holmes's Cell文章的基因树分析 (443 reads) 作者: 非文人 文章时间: 2021-8-28 周六, 上午4:25
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作者:非文人驴鸣镇 发贴, 来自 http://www.hjclub.org

原文:
The earliest split in the SARS-CoV-2 phylogeny defines two lineages - denoted A and B11 - that likely circulated contemporaneously (Fig. 1a). Lineage B, which became dominant globally, was observed in early cases linked to the Huanan market and environmental samples taken there, while lineage A contains a case with exposure to other markets (Fig. 1a,b) as well as with later cases in Wuhan and other parts of China10. This phylogenetic pattern is consistent with the emergence of SARS-CoV-2 involving one or more contacts with infected animals and/or traders, including multiple spill-over events, as potentially infected or susceptible animals were moved into or between Wuhan markets via shared supply chains and sold for human consumption5 . The potential emergence of SARS-CoV-2 across multiple markets again mirrors SARS-CoV in which high levels of infection, seroprevalence and genetic diversity in animals were documented at both the Dongmen market in Shenzhen4,12 and the Xinyuan market in Guangzhou13,14.

中文翻译:
SARS-CoV-2 系统发育中最早的分裂决定了两个谱系 – 被赋于 A 和 B(11),A和B可能同时流传下去(图 1a)。在全球占据主导地位的谱系B 支在与华南市场相关的早期案例和在那里采集的环境样本中观察到,而谱系 A 支包括一个暴露于其他市场的案例(图 1a,b)以及后来的武汉和中国其他地区的病例(10)。这种系统发育模式与SARS-CoV-2 的出现涉及与受感染动物和/或贸易商的一次或多次接触,包括多次溢出事件,因为可能感染或易感动物被转移通过共享供应链进入或在武汉市场之间进行销售,供人类消费(5)。这SARS-CoV-2 在多个市场的潜在出现再次类似于 SARS-CoV,其中动物的高感染水平、血清阳性率和遗传多样性被记录在深圳东门市场(4,12)和广州新园市场(13,14)。

《我的评论》:
1) 作者所用SARS-CoV-2基因分析样本是从12月24日到1月31日,并不包括12月24日之前的早期病例。早期病例的基因及A和B未分支前的SARS-CoV-2基因与动物市场的关系无从得之。存在两种可能:1. 与动物市场有关;2. 与动物市场无关。如果是后者,则SARS-CoV-2起源与动物市场无关。根据前述高福文章和曹彬文章,多数早期病例与动物市场无关。

2) 作者似乎认定这些病例只有动物传人一种途径,所以由A和B的分布就推出“涉及与受感染动物和/或贸易商的一次或多次接触,包括多次溢出事件,因为可能感染或易感动物被转移通过共享供应链进入或在武汉市场之间进行销售,供人类消费”的结论。难到不知道SARS-CoV-2早期已能人传人,由病人的采购和其他活动而导致A和B的地区分布多样化?

3) 作者应用了以前相同的逻辑:用SARS病毒的数据-“其中动物的高感染水平、血清阳性率和遗传多样性被记录在深圳东门市场和广州新园市场”来证明SARS-COV-2病毒的起源。难道就不能举出一点SARS-COV-2病毒在动物的感染水平、血清阳性率和遗传多样性的数据来吗?尤其如作者认为那样” 感染动物多次接触,多次溢出”的条件下,取得SARS-COV-2病毒在动物的感染水平、血清阳性率和遗传多样性的数据,不会很难吧?为什么没有呢?

作者:非文人驴鸣镇 发贴, 来自 http://www.hjclub.org



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